6月12～27日，受暴雨影响，鄱阳湖水系暴发洪水，抚河、信江、昌江水位先后超过历史最高水位；洞庭湖水系的资水、沅江和湘江也发生了洪水。两湖洪水汇入长江，致使长江中下游干流监利以下水位迅速上涨，从6月24日起相继超过警戒水位。

6月28日至7月20日，主要雨区移至长江上游。7月2日宜昌出现第一次洪峰，流量为54500立方米每秒。监利、武穴、九江等水文站水位于7月4日超过历史最高水位。7月18日宜昌出现第二次洪峰，流量为55900立方米每秒。在此期间，由于洞庭湖水系和鄱阳湖水系的来水不大，长江中下游干流水位一度回落。

7月21～31日，长江中游地区再度出现大范围强降雨过程。7月21～23日，湖北省武汉市及其周边地区连降特大暴雨；7月24日，洞庭湖水系的沅江和澧水发生大洪水，其中澧水石门水文站洪峰流量19900立方米每秒，为本世纪第二位大洪水。与此同时，鄱阳湖水系的信江、乐安河也发生大洪水；7月24日宜昌出现第三次洪峰，流量为51700立方米每秒。长江中下游水位迅速回涨，7月26日之后，石首、监利、莲花塘、螺山、城陵机、湖口等水文站水位再次超过历史最高水位。

8月份，长江中下游及两湖地区水位居高不下，长江上游又接连出现5次洪峰，其中8月7～17日的10天内，连续出现3次洪峰，致使中游水位不断升高。8月7日宜昌出现第四次洪峰，流量为63200立方米每秒。8月8日 4时沙市水位达到44.95米，超过1954年分洪水位0.28米。8月16日宜昌出现第六次洪峰，流量63300立方米每秒，为1998年的最大洪峰。这次洪峰在向中下游推进过程中，与清江、洞庭湖以及汉江的洪水遭遇，中游各水文站于8月中旬相继达到最高水位。干流沙市、监利、莲花塘、螺山等水文站洪峰水位分别为45.22米、38.31米、35.80米和34.95米，分别超过历史实测量高水位0.55米、1.25米、0.79米和0.77米；汉口水文站20日出现了1998年最高水位29.43米，为历史实测记录的第二位，比1954年水位仅低0.30米。随后宜昌出现的第七次和第八次洪峰均小于第六次洪峰。