1948年，周拾禄离开江西中正大学农学院后，回到南京中央农业实验所任稻作系技正。时值解放战争迫近南京，中农所又一次分散内迁。周拾禄临时受命接受留守任务。在此期间，他组织华兴鼐、傅胜发、蒋德麒、俞履圻、汤玉庚等人保护中农所财产和试验资料。周拾禄对所有留守人员说：“我们留下来就是准备与共产党见面的”。而当时中农所还驻有一个团的国民党军队。在留守人员的努力配合下，中农所完整无缺地回到了人民的手里。南京解放后，中农所改建为华东农业科学研究所，周拾禄任副所长。为了重振农业科学事业，他立即向有关领导单位提出要调回事先派驻、疏散到各省的科技人员和仪器设备，后来派驻在湖南和福建的科技人员陆续回到南京，参加华东农科所工作。